問題というほどのことでもないのですが、
Excel 2013 にしてから、一度開いた Excel ファイルを最小化しておいて、別の Excel ファイルを開こうとすると、最小化していた Excel ファイルも開いてしまう、という現象があって、鬱陶しいなぁと思っていました。

ちょっと調べてみたところ、同じ問題がMicrosoft のコミュニティに投稿されていました。
投稿した人は、「最小化した複数のファイルがすべて立ち上がる」と書いていますが、私の環境では、「最小化した複数のファイルのうち 1 つが立ち上がる」という状況です。

ここで提案されている解決策は、以下の方法です。

1) Excel ブックが開いている状態で、タスク バーにある Excel 2013 のアイコンを右クリックする。
2) [Excel 2013] を Alt キーを押したまま起動すると [新しく別の Excel を起動しますか ?] のメッセージが出るので、 [はい] を選択する。
3) Excel のバック ステージ ビューの左横の [最近使用したファイル] の一覧から対象のファイルを開く。

（ちなみに一度、上記2)の方法で Excel を起動すると、その後は Alt キーを押しながら起動しても、確認メッセージは表示されないようです。）

この方法で、最小化したファイルが開くという問題は一応解決するのですが、3)の手順で [最近使用したファイル] から開くと、最初の Excel ウィンドウが残るので、結局 1 クリック余分に動作が入るのは同じです。-.-;

というわけで、私の環境ではあまり解決にはなりませんでした。。。（もともとファイルが 1 個開くだけなので、大きな問題ではないけれど）

ただ、この解決方法を読んで初めて気づきました。
Excel 2013 では、別ウィンドウで Excel が立ち上がっていても、別インスタンスではないのですね！

そういえば、Ctrl+Zでやり直ししたときに、今作業している Excel ファイルではなく、その前に作業していた Excel ファイルがやり直しされて慌てたことがありました。
Alt キーを押しながら起動すると、別インスタンスになるので、そういう問題は解決できるようです。

<2015.02.25. 追記>
Excel を別インスタンスで開く方法

<2019.07.02. 追記>
最小化した Excel が勝手に開く問題＜解決編＞

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